O Náutico Praia Clube foi fundado na década de 60, e é considerado um dos clubes de elite do futebol de praia no tempo que havia campeonatos, sendo campeão em várias oportunidades.

A sua importância é constatada pela existência de uma foto do Pelé com o uniforme do Náutico.

Foi o primeiro campeão de futebol de praia, de Santos.

Segundo Firulo, um dos fundadores do Náutico, o grupo originou-se de amigos que jogavam "pelada" de rua, onde os gols eram demarcados entre os postes de iluminação e os muros das casas. O ponto de encontro era na Rua Bahia e jogavam: Firulo, Betinho, João Henrique Braga de Mesquita, Canuba, Newton Pimenta, Zé Edilberto, Clayton Espinhel Bittencourt, Fernando Magalhães e outros.

Mais tarde resolveram fundar um time de nome Havana F.C. para se filiarem à Liga Amadora de Futebol e disputar o Campeonato Varzeano de Santos.

Houve o ingresso de muitos dos quarteirões vizinhos como da Pasteur, Manoel Vitorino e da Paraguai. No entanto, devido a grande  quantidade de jogadores, houve uma dissidência a favor do futebol de praia. Esse novo grupo alojou-se  diante da Fonte Luminosa, no Gonzaga.

Para a praia juntaram-se: os irmãos Newton e Norberto Moreira, Luiz Fernando Netuzzi, Sérgio Loyo, Ari Otávio, Ney e Haroldo. Mais tarde, já se ressentindo da turma da “farofa”, a Prefeitura delimitou uma área de 100 metros ao lado dos canais para a prática do futebol. Portanto, a turma mudou-se para o lado direito do canal 3.  

O time foi crescendo e nesta época juntaram-se ao Náutico: Mário, Stanka, Mesquitinha, Renato, Natan Kogos, Betinho Gasosa, Menna, Daniel, Domato, Gigi, Mojica, Atair Boi entre outros. Posteriormente, quando da fundação da Liga de Futebol de Praia e a realização do primeiro campeonato juntaram-se ao grupo: Cláudio Cristóvão Pinho, China, Poninha, Ponão, Paulinho, Sigefredo, Ernestinho, Serjão, Serginho, Rodolfo, Lucas, Wilson, Barletta e Moacyr.

A origem do nome deu-se por sugestão do amigo China que havia jogado no Náutico F.C. de Recife/PE. O símbolo foi elaborado por Sigefredo Magalhães Filho. 

Em 1969, aconteceu o grande confronto entre o Náutico e o Ébano. Com um gol de Rivelino aos 23 minutos, o Náutico venceu a partida. O Ébano tinha em seu plantel nada menos do que: Clodoaldo, Joel, Coutinho, Everaldo entre outros.

O Jornal A Tribuna, publicou a seguinte matéria sobre o evento:

“Por 1 a 0, gol de Rivelino aos 23 minutos do segundo tempo, a equipe do Náutico venceu ontem a tarde na praia do Gonzaga, a representação do Ébano, que sentiu muito a ausência de seu principal valor, o rei Pelé.

Um empate seria o resultado mais justo para o desenrolar do prélio. Coutinho, pelo comando de ataque do Ébano foi o melhor valor de seu time, enquanto que Rivelino não reeditou a sua atuação do último sábado. As equipes foram:

Náutico - Edmir; Netuzzi (Zelão), Paulinho, Clóvis e Marçal; Norberto e Rivelino; Vado (Douglas), Toninho, Gigi (Célio) e Serginho.

Ébano - Ronaldo; Zé Carlos, Haroldo, Osmar e Dé; Clodoaldo e Joel; Dorval, Coutinho, Werneck (Dicão) e Everaldo.

O juiz foi Rubens Francini. Antes do início do cotejo principal foi feita uma homenagem pela diretoria do Náutico, aos jogadores Dorval, Toninho e Rivelino.”

O clube continua em atividade e seus jogos são realizados no mesmo local, ou seja, nas proximidades do canal 3, praia do Gonzaga, em frente ao posto 4.

Fontes: Célio Nori "Boleiros da Areia" - Julio Diogo - Firulo e Stanka